Necesito obtener a través de un programa los datos que salen por el puerto serie de mi PC para luego agregarlos a una base de datos..

No puedes usar javascript para acceder a puertos.
Si quieres hacer una aplicación local, no de cliente-servidor, entonces mejor usa C, o .NET.

Si es cliente-servidor:
- Si el dispositivo serie va a estar conectado al servidor, puedes usar un lenguaje como PHP. O una aplicación que esté en ejecución en el servidor y que conecte a la BBDD, luego lo muestras en una web usando PHP, ASP, etc.
- Si el dispositivo está conectado al cliente y necesitas enviar los datos al servidor, puedes crear una aplicación que conecte mediante sockets o atajos DB al servidor, pero seguramente en el server tendrás que dar permisos de acceso remoto a la base de datos, además de abrir puertos en firewalls, etc.
- Si es una aplicación local que quiere guardar datos en una BBDD como MySQL, la aplicación puede conectar por sockets a un servidor web, llamando a una URL (script en PHP), que recoja los datos por métodos GET, por ejemplo, para que luego ese script los guarde en la bbdd.


Un saludo
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