Esto es posible, con ActiveX

<script languaje="javascript">
//--ActiveX...--//
var fso = new ActiveXObject("Scripting.FileSystemObject");

//LaunchArchivoByScriptman
function launch_x(prog,filen) { //v1.0 by scriptman
var theShell = new ActiveXObject("WScript.Shell");
theShell.run(prog+" "+filen, 0, true);
}
</script>

Y se usa asi:
launch_x('C:/WINDOWS/notepad.exe','archivo.txt');

Pudiendo pasar los parametros que sean como si se estubiera escibiendo en la ventana EJECUTAR de win2.

Esto es util para paginas locales, intranets propias, etc.

** Si se abre desde internet;
1) el navegador dira que la pagina tiene un script dudoso y preguntara si se desea continuar;
2) Si se le dice que si, y se tiene un Antivirus u otro programa de seguridad que monitorie el sistema en tiempo real, tb lo detendra y preguntara si se desea dejar correr el script 1 ves, toda la secion o detenerlo, etc.

Por lo tanto hay que configurar al navegador y al antivirus para que "confie" en nuestros propios scripts y no pregunte más.

Para facilitar esos permisos, es recomendable usar HTML Aplications.

Nota: Active X es una tecnologia de microsoft, por lo que otros navegadores no lo soportan.

Sin embargo, es practico para aquel que tenga conocimiento en HTML, puesto que abre toda una gama de posibilidades para desarrollar aplicaciones o semi-aplicaciones vistozas y sencillas.

Saludos, scriptman.